Фамилия Греченко образована по распространённой восточнославянской модели с суффиксом -енко, который в украинской и южнорусской ономастике указывал на потомка: «чей?» — Греченко, то есть сын или внук человека по прозвищу Греча. В отличие от более частых суффиксов -ов/-ев, эта модель закрепилась в казацкой среде и в землях бывшей Гетманщины, поэтому география фамилии связана прежде всего с Украиной и прилегающими областями России.

Основа фамилии — прозвище Греча. Самое прямое и правдоподобное объяснение отсылает к гречихе: гречей называли либо того, кто сеял и продавал эту крупу, либо торговца гречневой мукой. В крестьянском быту прозвище по продукту или ремеслу — обычное дело, поэтому эта версия надёжнее альтернативной.

Менее вероятно, что Греча — сокращение от «грек», то есть выходец из Греции. Такая гипотеза слабее, потому что для обозначения греков в русских говорах использовали формы «грек», «гречин», а «греча» в этом значении почти не встречается. К тому же прозвища по национальности обычно передавались без уменьшительного суффикса, а здесь основа звучит именно как название крупы.

Таким образом, предок носителей фамилии Греченко, скорее всего, имел дело с гречихой — выращивал её, молол или торговал ею. Прозвище закрепилось за ним как основное именование, а его дети и внуки стали писаться Греченко.