Фамилия Грибеникова — женская форма от Грибеников, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Грибеня. В русской ономастике это довольно прозрачная фамилия, но с одной интересной особенностью: она уходит корнями не в слово «гриб», а в его производное с уменьшительным суффиксом -ен(я). То есть Грибеня — это «маленький гриб» или, скорее, человек, которого так прозвали за внешность или поведение.

Основа фамилии — «Грибен» (усечённая форма от Грибеня). Суффикс -ик- (Грибеник) указывает на принадлежность: «сын Грибени» или «человек из рода Грибени». В XVII–XVIII веках такие фамилии часто закреплялись за крестьянами и посадскими людьми в северных и центральных губерниях России, где грибной промысел был частью хозяйства. Однако прозвище могло относиться и к человеку с приземистой фигурой, круглым лицом или даже к тому, кто, как гриб, «вырос» на одном месте.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, модель на -иков встречается реже. Она характерна для фамилий, образованных от прозвищ на -еня, -уня, -ыня (ср. Грибеня — Грибеников, Кисленя — Кислеников). По словарю Б. Унбегауна, такие формы типичны для великорусского ареала, но не для южных или западных регионов.

Спорных версий у фамилии почти нет. Иногда её путают с украинской фамилией Грибенюк или польской Grzybnik, но русский суффикс -ов однозначно указывает на патронимическую модель, а не на географическое название. Если предок носил прозвище Грибеня, то фамилия могла закрепиться за его потомками уже в первой половине XVIII века, когда массово фиксировались крестьянские фамилии.

Носительницы фамилии Грибеникова встречаются в основном на севере и северо-востоке европейской части России — в Вологодской, Кировской, Архангельской областях. Это косвенно подтверждает связь с лесными промыслами. В дореволюционных метрических книгах фамилия иногда писалась через «а» — Грибеникова, но вариант с «о» (Грибеников) считается исходным для мужской линии.