Фамилия Гришунина образована от производной формы крестильного мужского имени Григорий. В переводе с греческого Григорий означает «бодрствующий, бдительный». В народной среде имя обросло множеством уменьшительных вариантов, и Гришуня — один из них, характерный для северных и центральных говоров России. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Гришуни» или «семья Гришуни». Такая модель типична для фамилий, возникших в среде простого сословия — крестьян, ремесленников, посадских людей, где отчество на -ин закрепилось раньше и прочнее, чем в дворянских родах. Скорее всего, основатель рода Гришуниных был человеком из непривилегированного сословия, а его потомки со временем унаследовали фамилию по имени прямого предка. Интересно, что фамилия встречается преимущественно в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — это подтверждает её северное происхождение, где формы на -ун/-уня были особенно распространены. В отличие от более частых Гришиных и Григорьевых, вариант Гришунина сохраняет редкую словообразовательную цепочку: Григорий → Гришуня → Гришунин/Гришунина. Если в роду бытовало прозвище Гришуня, оно могло относиться не только к человеку по имени, но и к его внешности или характеру — так на Севере называли медлительных или задумчивых людей.