Фамилия Гришунины образована от имени Гришуня — просторечной, домашней формы крестильного имени Григорий. В переводе с греческого «григорио» означает «бодрствующий», «бдительный». Это имя было одним из самых распространённых на Руси, поэтому и его производных форм, ставших основами для фамилий, сохранилось множество: Гришин, Григорьев, Гришутин, Грищенко — и Гришунин в их числе.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: к основе Гришун- добавлен патронимический суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?»). Фамилия Гришунин, таким образом, буквально означала «сын Гришуни». Со временем, когда фамилия закрепилась за потомками, она перешла в форму множественного числа — Гришунины, то есть «семья, род Гришуниных».

Интересно, что суффикс -ун- в основе (Гришун-я) придаёт имени уменьшительно-ласкательный, а иногда и шутливый оттенок. Такие формы были особенно употребительны в крестьянской и мещанской среде: в быту человека звали не полным именем, а его обиходным вариантом. Это даёт основания предполагать, что первые носители фамилии были скорее всего выходцами из непривилегированных сословий — крестьянами или посадскими людьми. Дворянские роды чаще образовывали фамилии от полной формы имени (Григорьевы, Григориевы), а не от уменьшительной.

Определить точное место и время возникновения фамилии Гришунины сегодня трудно: процесс становления русских фамилий растянулся на несколько столетий — с XV по XIX век. Однако можно с уверенностью сказать, что фамилия эта не искусственная, не семинарская (в отличие от, скажем, Григорьевского или Григориадского), а исконно народная, возникшая естественным путём в живой речи. В архивных записях фамилия встречается преимущественно в центральных и северных губерниях России, что косвенно указывает на регион её наибольшего бытования.

Таким образом, фамилия Гришунины — типичный образец русского патронимического именования, в основе которого лежит не официальное церковное имя, а его обиходная форма, сохранившая тепло повседневного общения предков.