Фамилия Гришунькина образована от имени Гришуня — уменьшительно-ласкательной формы имени Григорий. Греческое имя Григорий означает «бодрствующий», «неспящий». В русском быту оно дало множество производных форм: Гриша, Гришка, Гришуня, Гришутка, Гришаня. Фамилия на -ин указывает на принадлежность к роду: Гришунькина буквально значит «дочь или жена Гришуни». Мужской вариант — Гришунькин.

Суффикс -ин в русских фамилиях обычно закреплялся за основами на -а, -я, в отличие от фамилий на -ов, которые образовывались от основ на твёрдый согласный. Здесь основа Гришунь- (с мягким знаком) дала типичную модель: чей? — Гришунькин. По такой же схеме возникли фамилии Гришунин, Гришунов, Гришин, Гришаев, но Гришунькин стоит особняком — в ней сохранился редкий ласкательный суффикс -унь-.

Встречаемость фамилии невысока. Основные очаги бытования — центральные и поволжские регионы России, где имя Григорий было особенно популярно в крестьянской среде. В документах XVI–XVII веков встречаются записи о крестьянах и посадских людях с именем Гришуня, но сама фамилия Гришунькина оформилась, скорее всего, позже — к XVIII–XIX векам, когда фамилии окончательно закрепились за крестьянскими родами после отмены крепостного права.

Интересная деталь: в некоторых говорах форма Гришуня могла относиться не только к мужчине, но и к женщине — как ласковое обращение к Григорию или Григорихе. Однако в фамилии закрепился именно мужской вариант: предок носительницы фамилии был, вероятно, Гришуней — человеком с именем Григорий, которого в семье или на деревне звали ласково.

Сословная принадлежность фамилии не фиксируется однозначно: Гришунькины могли быть как крестьянами, так и мещанами, но не дворянами — в родословных книгах эта фамилия не значится.