Фамилия Гродникова — женская форма фамилии Гродников. Её основа, скорее всего, связана с названием города Гродно, одного из старейших в Белоруссии. Первое достоверное упоминание о нём относится к 1183 году, а в XIV веке князь Витовт сделал Гродно своей второй «столицей». Можно предположить, что предок Гродниковых был выходцем из этого города или его окрестностей. Словообразовательная модель проста: к топониму Гродн(о) добавили суффикс -ик, обозначающий жителя или уроженца, а затем — патронимический суффикс -ов. Получилось: гродник — «человек из Гродно» → Гродников — «сын гродника».

Менее вероятна версия, что в основе фамилии лежит не топоним, а прозвище Гродник, восходящее к полабскому gřoda — «гряда». В этом случае прозвище могло указывать на черту характера или род занятий. Однако географическая версия выглядит убедительнее: фамилия Гродников встречается в регионах, исторически связанных с западнорусскими землями и Великим княжеством Литовским, куда Гродно входил с XIII века. В составе Российской империи город оказался после третьего раздела Речи Посполитой, а с 1991 года входит в состав Республики Беларусь. Фамилия Гродникова, таким образом, может быть ономастическим следом миграции из одного из древнейших городов на Немане.