Фамилия Губарькова — женская форма фамилии Губарьков, которую, скорее всего, образовали от прозвища Губарек. Слово «губа» в русских говорах имело два основных значения: часть лица и обида. Поэтому Губарьком могли прозвать человека с пухлыми или толстыми губами, а могли — и обидчивого, капризного, склонного «дуть губы». Таким образом, прозвище указывало либо на внешность, либо на характер предка.

Модель образования здесь не самая частая: суффикс -ек- в основе (Губарек) и далее патронимический суффикс -ов. Получается «чей?» — Губарьков, то есть сын или потомок Губарька. Обычно такие фамилии закреплялись за крестьянами и посадскими людьми, но не только: фамилии с корнем «губ-» встречаются в документах XV–XVII веков у разных сословий. Известны Иван Губанов (крестьянин, 1495 год, Новгород), другой Иван Губанов (гость, в 1555 году сведённый на житье в Казань), Алексей Иванович Губанов (дворянин, потомок выходца из Смоленска, 1610 год), а также Иван Губанов (крестьянин, 1627 год). Все они — носители однокоренных прозвищ, что говорит о древности и распространённости этой модели.

Фамилия Губарькова встречается реже, чем Губанов или Губарьков, но её география тоже показательна. Основной ареал — южнорусские и поволжские регионы, где диалектное слово «губарь» (тот, у кого большие губы) было в ходу. Встречается фамилия и на Урале, куда её могли принести переселенцы.