Фамилия Губарькова образована от прозвища Губарек. Так могли называть и толстогубого, и обидчивого (то есть склонный дуть губы) человека. Таким образом, это прозвище могло указывать как на особенности внешности, так и на черты характера предка. Фамилии с основой «губ» довольно древние, о чем свидетельствуют документы XV-XVII веков, где упоминаются Иван Губанов (крестьянин, 1495 год, Новгород), другой Губанов Иван (гость, в 1555 году сведенный на житье в Казань), Алексей Иванович Губанов (дворянин, потомок выходца из Смоленска, 1610 год), Губанов Иван (крестьянин, 1627 год). Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Губарек, со временем получил фамилию Губарькова.