Фамилия Губашиев ведет начало от прозвища Губаши — русифицированной формы дагестанского именования Гуэбэшы. Эта основа напрямую связана с названием одного из древнейших поселений Дагестана — Кубачи, расположенного в Дахадаевском районе. Село Кубачи с давних времен славилось ювелирами, ремесленниками, оружейниками и мастерами по изготовлению кольчуг. Само название восходит к древнетюркскому слову, означающему «кольчужники». Поэтому прозвище Губаши, скорее всего, получал выходец из этого поселения.

Появление фамилии Губашиев, как и многих других фамилий у народов Кавказа, связано с территориально-общинной организацией — делением на тейпы. Потомок человека по прозвищу Губаши со временем стал носить фамилию Губашиев.

Предположительно, основоположником рода стал Али Гуэбэшы, родившийся в селе Кубачи. Как и многие кубачинцы, он был искусным мастером. Обосновавшись в Жантохово, Али открыл ремесленную мастерскую, где занимался изготовлением холодного оружия, серебряных поясов, изделий из меди и хозяйственной утвари. Дело отца продолжили его сыновья. Со временем часть потомков переключилась на коневодство, и к концу XIX века род Губашиевых прославился как владельцев чистокровных скакунов.

В Книгу памяти Кабардино-Балкарской Республики внесен кумык Ислам Муссович Губашиев, родившийся в 1876 году в селе Кызбурун-2 Баксанского района.