Фамилия Губернаторова образовалась от прозвища Губернаторов. Славянский суффикс -ов в этой модели указывает на принадлежность: буквально прилагательное «губернаторов» означало «относящийся к губернатору» или «принадлежащий губернатору». Губернатором в дореволюционной России называли высшего чиновника, который управлял губернией — территорией, по размеру и статусу близкой к современной области. В его обязанности входила защита прав верховной власти, контроль за исполнением законов, указов Сената и предписаний вышестоящего начальства.

Ключевой вопрос — кем был человек, получивший такое прозвище. Скорее всего, прозвище Губернаторов дали не сыну или наследнику губернатора, а кому-то из его домочадцев: слуге, работнику, крепостному крестьянину или воспитаннику. Дело в том, что губернаторами становились представители высшего дворянского сословия. У них уже были родовые фамилии, закрепившиеся задолго до того, как у простолюдинов появилась необходимость в фамильных именованиях. Сын губернатора наследовал фамилию отца, а не получал прозвище. А вот слуг, не имевших фамилий, в быту могли называть «губернаторовыми людьми». При переписи или оформлении документов это прозвание — Губернаторовы — могли записать как фамилию. Так прозвище стало основой для фамилии Губернаторова.

Сведения о носителях фамилии сохранились в региональных архивах. В Книге памяти Алтайского края записан Губернаторов Василий Ефимович, 1873 года рождения, уроженец Рязанской губернии, проживавший в селе Клочки Ребрихинского района. Из документов Республики Татарстан известен Губернаторов Василий Павлович (родился в 1871 году в селе Ключище Верхнеуслонского района). В Книге памяти Новгородской области упомянут Губернаторов Михаил Самойлович, родившийся в 1879 году в селе Едрово Валдайского района Нижегородской области. Все три записи относятся к мужчинам, родившимся в последней трети XIX века, что подтверждает: к тому времени фамилия уже прочно закрепилась в крестьянской среде нескольких губерний — от Рязанщины до Алтая.