Фамилия Губернат — одна из тех, что вводят в заблуждение своим книжным звучанием. На первый взгляд кажется, что её носитель — потомок какого-нибудь губернатора или управляющего. На деле корень здесь лежит не в русской административной системе, а в личном имени или прозвище, которое давали по отцу.

Основа фамилии — каноническое имя Гу́берт (от древневерхненемецкого Huguberht, «умный и блестящий»). В польской и западнорусской традиции это имя давало формы вроде Губерт, Губернат. Суффикс -ат (как в фамилиях Деркач — Деркачёнок, или Курат) в белорусском и польском языках часто указывал на потомка: Губернат буквально значило «сын Губерта» или «маленький Губерт». Окончание же на твёрдый согласный — типичная черта фамилий, записанных в официальных документах Российской империи, где польское -a или -o часто русифицировали.

Версия о связи с латинским gubernator («кормчий, правитель») менее вероятна. В русском языке слово «губернатор» дало бы фамилии Губернаторов, Губернаторский, но не Губернат. Форма без суффикса -ов/ев характерна для юго-западных земель (Беларусь, Украина, Польша), где фамилии на -ат, -ук, -ич были нормой. Если бы предок был губернатором, его бы записали иначе — с патронимическим суффиксом.

Географически фамилия редкая, но встречается в западных областях России и в Беларуси. В XIX веке её могли носить крестьяне или мещане, чей предок получил прозвище Губернат либо по имени отца, либо как шутливое прозвище за важный вид — «ходит как губернатор». Второе правдоподобно для деревенской среды, где ироничные прозвища давали за манеру держаться.

В написании фамилии есть одна особенность: ударение, скорее всего, падает на последний слог — Губерна́т, что подтверждает её польско-белорусское происхождение (сравните: Кондрат, Бартат). Если бы фамилия была от «губернии», ударение сместилось бы на второй слог.