Фамилия Губецкова — женская форма, мужской вариант — Губецков. В её основе лежит прозвище Губец, образованное от слова «губа». Чаще всего так называли человека с толстыми губами или того, кто быстро обижался, «надувал губы». Прозвище могло указывать на заметную особенность внешности предка или на его обидчивый характер.

Менее правдоподобна версия, что Губец происходит от старого значения «убийца». В этом случае прозвище мог получить преступник, но это редкий и маловероятный вариант. Основная линия образования фамилии связана с бытовыми прозвищами по внешности или поведению.

Фамилия оформлена по русской модели с суффиксом -ов: Губец → Губецков → Губецкова. Такая модель типична для фамилий, которые закрепились в русской среде после переезда рода. Вероятно, предки Губецковых перебрались в Россию, где фамилия получила русифицированное окончание.