Фамилия Гуднина образована по продуктивной модели русских фамилий на -ин, указывающей на принадлежность: «чей?» — Гуднин, то есть сын или потомок Гудни. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Гудня. Суффикс -ин в данном случае стоит после основы на -а, что типично для фамилий, возникших от прозвищ с окончанием на гласный.

Корень «гуд-» отсылает к глаголу «гудеть» и его производным. В диалектах «гудня» или «гудень» могло означать человека, который гудит, монотонно напевает или издаёт протяжные звуки. Однако у слова есть и более конкретное значение: в некоторых говорах «гудня» — это ворчун, брюзга, человек, который постоянно «гудёт» (ворчит). Вторая версия связывает прозвище с музыкальным инструментом: «гудок» — старинный русский смычковый инструмент, а «гудня» — прозвище гудошника, то есть музыканта, играющего на гудке. Такое прозвище могли дать бродячему музыканту или скомороху. С учётом того, что скоморошество было широко распространено на Руси, а фамилии от названий музыкальных занятий встречаются (Гудков, Гусев, Скрипкин), этот вариант выглядит вполне правдоподобным.

География фамилии тяготеет к северным и центральным областям России. Фамилия Гуднин встречается в Архангельской, Вологодской, Кировской областях, а также в Поволжье. Это косвенно подтверждает её происхождение от диалектного слова: именно в северных говорах «гудеть» и «гудня» употреблялись в значении «ворчать» или «играть на гудке».

Сравнение с однокоренными фамилиями помогает уточнить картину. Гудков — самая распространённая фамилия этого гнезда, она явно связана с гудком-инструментом. Гудов, Гудин, Гудовников — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. Гуднина — форма женского рода, мужской вариант — Гуднин. Патронимический суффикс -ин указывает, что фамилия закрепилась в той среде, где имя или прозвище отца заканчивалось на -а или -я: Гудня, а не Гудко или Гуд.

Таким образом, предок носителей фамилии Гуднина, скорее всего, получил прозвище за манеру ворчать или за занятие музыкой. Вероятнее первое: в быту прозвища по поведению давались чаще, чем по профессии. Фамилия не относится к дворянским или купеческим, она крестьянская, что типично для фамилий на -ин в северных и центральных губерниях.