Фамилия Гудзинский — редкий случай, когда географическая привязка к названию населённого пункта почти наверняка первична, а вот с самим топонимом всё не так очевидно. В польской и западнорусской ономастике суффикс -инский — один из самых распространённых маркеров дворянского или шляхетского происхождения: так образовывались фамилии от названий имений (Гудзино, Гудзево, Гудзин). Предок носителя, скорее всего, владел землёй или жил в местечке с корнем «Гудз-».

Спорный момент — значение этого корня. Есть две рабочие версии, и обе имеют право на существование. Первая: от древнепольского или белорусского диалектного слова «гудз» — так называли болотистую, топкую местность, поросшую кустарником. В этом случае Гудзинский — «тот, кто с болота», что типично для названий усадеб в Полесье или на Волыни. Вторая версия связывает основу с личным именем или прозвищем Гудзь, Гуда (от «гудеть» — громко петь, играть на гудке, а то и просто шуметь). В украинских и белорусских говорах «гудз» могло означать «гуляка», «весельчак». Правдоподобнее первая гипотеза: топонимические фамилии на -ский редко образовывали от прозвищ, чаще — от названия родового гнезда.

В дореволюционных документах фамилия встречается преимущественно среди польской шляхты Волынской, Киевской и Подольской губерний, а также среди белорусской мелкой шляхты. Встречается и вариант Гудзевич (с другим патронимическим суффиксом), что указывает на ту же основу, но другую модель образования. В современной России фамилия редкая, её концентрация — западные области, а также Москва и Санкт-Петербург как места миграции XX века.