Фамилия Гугуля звучит необычно, и её происхождение, скорее всего, связано с прозвищем, а не с крестильным именем. В основе лежит слово «гугуля» — в южнорусских и украинских говорах так называли кукушку. Прозвище Гугуля мог получить человек с певучим голосом или тот, кто, подобно кукушке, был одинок или любил «куковать» — скитаться без постоянного дома. В некоторых диалектах «гугуля» означала также «шишка» или «нарост», поэтому нельзя исключать, что прозвище дали по какой-то внешней примете.

С точки зрения словообразования фамилия относится к архаичному типу бессуффиксных образований. Она застыла в форме прозвища, не получив типичных фамильных суффиксов -ов, -ин или -ский. Такие «чистые» фамилии характерны для украинской и белорусской традиции, а также для юга России. Встречается фамилия Гугуля именно в этих регионах — на Украине, в Беларуси и в южных областях России, что подтверждает её диалектное происхождение.

Интересно, что фамилия Гугуля имеет родственные параллели: Гугуев, Гугунов, Гугунашвили (в грузинском языке «гугу» — сердце). Однако для русской ономастики основным остаётся прозвищный след от кукушки. В словаре В. Даля «гугуля» также фигурирует как название дикого голубя (горлицы), что расширяет круг возможных значений: прозвище могло закрепиться за охотником или человеком, разводившим птиц.

Социальный статус носителей фамилии в прошлом, скорее всего, был крестьянским или казачьим. Никаких документальных свидетельств о дворянском роде Гугуля не обнаружено. Фамилия редкая и не попала в массовые списки, что делает её особенно ценной для локальной истории — она хорошо сохраняет память о прозвище, данном предку несколько веков назад.