Фамилия Гульданаева образована от мужского имени Гульданай. По своей словообразовательной модели это типичная «русская фамилия» на -аев, возникшая в среде, где русская администрация фиксировала иноязычные имена и прозвища по стандартной схеме: к основе добавлялся суффикс -ев (после мягкого согласного или й). Форма женского рода, как и в подавляющем большинстве русских фамилий, возникла через прибавление окончания -а.

Корень имени Гульданай составной. Первая часть — «гуль» — восходит к тюркскому или персидскому слову «гюль» (گل), что означает «цветок», «роза». Вторая часть, «данай», может быть связана с персидским «дана» (دانا) — «мудрый», «знающий», или с тюркским «дана» — «тёлка», «молодая корова» (в составе личных имён этот элемент встречается реже и обычно указывает на пожелание богатства или плодородия). Наиболее вероятное значение всего имени — «цветок мудрости» или «розовая мудрость», что характерно для традиционных восточных имён-пожеланий.

Фамилия Гульданаева имеет ярко выраженную региональную привязку. Она распространена в основном среди народов Северного Кавказа, прежде всего у чеченцев (в том числе в родовых обществах Нохчмахкахой и других), а также встречается у ингушей и кумыков. В Чечне имя Гульданай (и соответственно, фамилия) бытует как женское. Таким образом, предки носителя фамилии — это человек по имени Гульданай, которого при переписи или в документах записали как «Гульданаев» (то есть «сын/потомок Гульданая»).

Интересная деталь: в отличие от многих фамилий на -аев, которые в русской среде имеют мужскую основу (например, Алексеев — от Алексей), здесь в основе лежит женское имя. Это не редкость для тюркских и кавказских фамилий, где фиксация могла идти по имени матери (матрилинейный след), но в официальных документах Российской империи XIX века мужчину всё равно записывали по отцу. В данном случае, вероятно, имя Гульданай носил мужчина-родоначальник, что говорит об архаичности имени, которое со временем могло перейти из женского в мужской обиход или быть зафиксировано как прозвище.