Фамилия Гуняева — женская форма, а её мужской вариант — Гуняев. Это патронимическая фамилия, образованная от личного имени или прозвища Гуняй с помощью типичного русского суффикса -ев (вариант -ов после мягких и шипящих согласных). Само прозвище Гуняй восходит к древнерусскому слову «гуня» — так называли ветхую, изношенную одежду, рубище или лохмотья. В словаре Даля «гуня» — это «ветхая одежонка, рубище», а также «плохая, худая шуба». В переносном смысле прозвище могли дать неопрятному, неряшливому человеку или, напротив, бедняку, который ходил в обносках.

Намного реже встречается версия, связывающая основу с диалектным глаголом «гунять» — в некоторых говорах это означало «шататься без дела», «бродить праздно». Тогда Гуняем называли ленивого или бродягу. В любом случае, прозвище давали по внешнему виду или поведению, а не по профессии или имени предка.

Фамилия Гуняев (и Гуняева) — редкая, сконцентрирована в основном в центральных и северных регионах России, а также в Поволжье. Встречается в старых переписных книгах XVII века, например, в документах по Арзамасскому уезду упоминаются крестьяне с этой фамилией. Сословно — это типичная крестьянская фамилия, без дворянских корней.

Если сравнивать с однокоренными, то по той же модели образованы Гунин, Гунькин, Гундырев — все они от разных форм слова «гуня». Но Гуняев выделяется суффиксом -яев, который встречается реже, чем -ин или -ов, что делает фамилию более узнаваемой среди похожих.