Фамилия Гуняев образована по самой распространённой в русском языке модели: от личного прозвища или мирского имени с помощью патронимического суффикса -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Основа здесь — Гуняй. Чтобы понять, что это значило, нужно смотреть в сторону древнерусского слова «гуня». В старой лексике так называли ветхую, худую одежду, рубище, тряпьё. Соответственно, Гуняем могли прозвать неряшливого человека, который ходил в обносках, либо, наоборот, бедняка, у которого другой одежды и не было. Прозвища по одежде были в ходу на Руси повсеместно, поэтому фамилия встречается в разных регионах, хотя и не относится к числу частых.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная, — связь с диалектным глаголом «гунять», то есть говорить невнятно, тянуть слова. В этом случае Гуняй — человек с медленной или неразборчивой речью. Оба толкования — бытовые, без связи с высокими чинами или профессиями, что типично для фамилий крестьянского и посадского сословия. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия закрепилась в форме родительного падежа: «чей сын?» — Гуняев, то есть потомок Гуняя.

Сравнение с однокоренными фамилиями — Гунин, Гунёв, Гунькин — показывает, что все они восходят к одному и тому же корню «гун-», но с разными суффиксами. Гуняев стоит особняком благодаря суффиксу -яй, который в древнерусских прозвищах часто придавал оттенок характерности или привычки (сравните: Лентяй, Слоняй). В современных словарях фамилия Гуняев фиксируется как редкая, с концентрацией в центральных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение из северных или среднерусских говоров, где слово «гуня» было в ходу дольше всего.