Фамилия Густунов образована по самой распространенной в русском языке модели — от основы с помощью суффикса -ов. Суффикс указывает на принадлежность: Густунов буквально означает «сын Густуна» или «человек из рода Густуна». Сама основа Густун — это прозвище или некалендарное имя, которое и стало ядром фамилии.

Корень здесь — «густ-», от прилагательного «густой». Прозвище Густун могли дать человеку за какие-то внешние особенности: густые волосы, борода, брови или плотное, крепкое телосложение. В русских говорах слово «густун» не фиксируется как самостоятельное нарицательное, но модель прозвищ от прилагательных типична: Толстун, Широкун, Молчун. Вероятно, прозвище Густун было описательным, без ироничного оттенка — просто меткая бытовая характеристика.

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «густить» — делать густым, сгущать. В этом случае Густуном могли прозвать человека, который занимался сгущением продуктов, например, варил сироп или кисель, но это уже ремесленная версия, а не бытовая.

По географии фамилия Густунов встречается нечасто. Основные очаги — центральные регионы России, в частности Тверская и Московская области. Встречается она и на Урале, что объясняется поздними миграциями крестьян в XVIII–XIX веках. Среди дворянства и купечества фамилия не отмечена, что указывает на крестьянское или мещанское происхождение большинства носителей.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не выделяет фамилию Густунов отдельно, но относит её к типичным «говорящим» прозвищным фамилиям на -ов. В отличие от более распространённых Густоваров или Густилиных, Густунов сохранил редкую суффиксальную основу на -ун, что делает её своеобразным маркером: предок носителя явно выделялся качеством, которое в говоре его окружения называли именно так.