Фамилия Гутенко — один из тех случаев, где за простой украинской моделью на -енко стоит неочевидная профессиональная история. Суффикс -енко, характерный для восточной и южной Украины, указывает на то, что перед нами потомок человека по прозвищу Гут. В основе лежит не имя, а ремесло.

Самая вероятная версия связывает прозвище Гут с немецким словом Hütte — «стеклянный завод» или «плавильная печь». В XVII–XVIII веках на Левобережной Украине и в Новороссии работали приглашённые немецкие стеклодувы, а местные, перенимая ремесло, могли получить прозвище по месту работы. Гутом называли не мастера, а скорее работника при стеклянном заводе — подсобного рабочего или того, кто обслуживал печи. Фамилия Гутенко, таким образом, могла означать «сын гута», то есть выходец из семьи заводского человека.

Менее популярная, но лингвистически допустимая версия отсылает к нарицательному «гута» — затвердевшему млечному соку некоторых растений, из которого добывали гуттаперчу. Однако промышленная добыча гуттаперчи в Российской империи была редкостью и началась поздно, поэтому эта гипотеза уступает «стекольной» по исторической правдоподобности.

Фамилия Гутенко образована по продуктивной украинской модели отчества: к основе Гут- добавляется суффикс -енко («маленький», «потомок»). По этой же схемы построены Гутько, Гутовский, Гутников — все они восходят к тому же корню, но с разными суффиксами. В украинских реестрах XVIII века встречаются казаки с прозвищем Гут, что косвенно подтверждает бытование основы в среде вольных поселенцев.

Сословно фамилия не была элитарной: Гутенко — типичная фамилия крестьян и мещан, реже — казаков. Переход прозвища в наследственное имя произошёл, скорее всего, в конце XVII — начале XVIII века, когда на украинских землях массово закреплялись фамилии по отцу.