Фамилия Ибатуллин имеет тюркские корни и происходит от мужского имени Ибатулла. Это имя, в свою очередь, является диалектальным вариантом более распространённого арабского имени Хибатулла, которое переводится как «дар Аллаха» или «подаренный Богом (мальчик)». В разных тюркских языках и говорах имя бытовало в формах Ибук, Ибаш, Ибуш, Иби, Ибат, Ибак — все они восходят к той же основе.

Выбор имени Ибатулла для сына был не случайным. Родители, называя ребёнка таким именем, выражали надежду, что он вырастет благочестивым и достойным мусульманином, оправдывая значение имени как «божественного дара». Фамилия образовалась по стандартной для татарской и башкирской антропонимии модели: к основе Ибатулл- добавили русский патронимический суффикс -ин, который указывает на принадлежность («сын Ибатуллы»). Так из имени возникла фамилия Ибатуллин.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная: суффикс -ин присоединяется к основам, оканчивающимся на гласный или мягкий согласный. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще образуются от основ на твёрдый согласный, вариант на -ин — один из самых распространённых в татарской среде. Поэтому географически фамилия Ибатуллин встречается преимущественно в Татарстане, Башкортостане и среди татарских диаспор в других регионах России.