Фамилия Игнатенков — характерный пример того, как украинская по происхождению фамилия обрела русскую форму. В основе лежит имя Игнат, краткая форма канонического Игнатий. Латинское Ignatius, от которого оно произошло, означает «огненный» (есть и менее распространённая версия — «неведомый»). Имя было популярно в среде православных, и на его базе в разных регионах возникло множество фамилий: от Игнатьева до Игнатенко.

Ключевая особенность Игнатенковых — суффикс. Первичная форма, Игнатенко, построена по украинской модели: суффикс -енко обозначал потомка, сына. Носитель такого прозвища был сыном Игната. Эта модель массово распространилась в землях современной Украины и юга России. Позже, вероятно, при переселении носителей в великорусские губернии, фамилию адаптировали к местному узусу: к основе Игнатенко добавили русский патронимический суффикс -ов. Так образовалась форма Игнатенков — «сын Игнатенко», то есть внук или более дальний потомок Игната. Подобная русификация типична для фамилий, мигрировавших с территории Гетманщины и Слобожанщины в центральные области России в XVII–XIX веках.

Фамилия эта относительно редкая. Её география бытования сегодня охватывает в основном южные и центральные области России, а также восток Украины. Сословно предки Игнатенковых чаще всего были крестьянами или казаками; дворянских родов с такой фамилией в дореволюционных родословных книгах не зафиксировано.