Скорее всего, в основе фамилии Илькаева лежит мужское имя Илкин. В переводе с азербайджанского языка оно означает "первый". Согласно другой версии, фамилия Илькаева образована от прозвища Илькай, восходящему к слову «илькой», имеющего в уральских говорах значение "горький". Так могли называть не только злого, вредного человека, но и бедный, несчастный человек. Кроме того, прозвище Илькай может быть связано с карачаево-балкарским словом "иелик", которое переводится на русский язык как "владычество". Соответственно, Ильком могли называть зажиточного человека. Существует также гипотеза, по которой, фамилия Илькаева могла происходить и от мужского крестильного имени Илья, которое является видоизмененной формой библейского имени Eliyahu. Последнее переводится с древнееврейского как "мой Бог – Господь", то есть "Мой Бог – Бог истинный". Менее вероятно, что в основе прозвища лежит нарицательное «илька» - американский хорь, имеющий ценный мех. В этом случае Ильким могли называть купца, торговавшего ильковыми шубами. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Илькаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.