Фамилия Илькаевы — один из тех родовых имен, чья история уходит в XV–XVII века и связана с тюркскими народами, выходцами из Золотой Орды, печенегами или половцами. Корни такой фамилии почти всегда указывают на восточное происхождение родоначальника, и Илькаевы — не исключение. Скорее всего, в основе лежит мужское имя Илкин: с азербайджанского оно переводится как «первый». Это одна из самых правдоподобных версий, поскольку личные имена с таким значением были популярны в тюркской среде.

Есть и другая, бытовая гипотеза. Фамилию могли образовать от прозвища Илькай, которое в уральских говорах связывали со словом «илькой» — «горький». Так могли назвать не только злого или вредного человека, но и беднягу, неудачника. Однако в карачаево-балкарском языке есть слово «иелик» — «владычество». Если прозвище пошло оттуда, то Илькаем, наоборот, называли зажиточного, властного человека. Оба варианта возможны, но второй реже встречается в документах.

Иногда фамилию пытаются привязать к крестильному имени Илья, восходящему к библейскому Элияху («мой Бог — Господь»). Эта версия слабее: фонетический переход от Ильи к Илькаю неочевиден, хотя в народной речи такие искажения случались. Еще менее вероятно, что в основе лежит слово «илька» — американский хорь с ценным мехом. По этой логике, Илькаем могли прозвать купца, торговавшего ильковыми шубами, но для русского быта XVI–XVII веков такой промысел скорее исключение.

В любом случае, фамилия Илькаевы — памятник восточной письменности и культуры. Ее появление в русской среде объясняется тем, что многие дворяне в России имели нерусское происхождение. Точных сведений о сословии первых носителей нет, но сама фамилия сохранила память о древних тюркских именах и прозвищах, которые почти не встречаются в современном обиходе.