Фамилия Илькаев имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Илькаев уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Илькаев являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Скорее всего, в основе фамилии Илькаев лежит мужское имя Илкин. В переводе с азербайджанского языка оно означает "первый". Согласно другой версии, фамилия Илькаев образована от прозвища Илькай, восходящему к слову «илькой», имеющего в уральских говорах значение "горький". Так могли называть не только злого, вредного человека, но и бедный, несчастный человек. Кроме того, прозвище Илькай может быть связано с карачаево-балкарским словом "иелик", которое переводится на русский язык как "владычество". Соответственно, Ильком могли называть зажиточного человека. Существует также гипотеза, по которой, фамилия Илькаев могла происходить и от мужского крестильного имени Илья, которое является видоизмененной формой библейского имени Eliyahu. Последнее переводится с древнееврейского как "мой Бог – Господь", то есть "Мой Бог – Бог истинный". Менее вероятно, что в основе прозвища лежит нарицательное «илька» - американский хорь, имеющий ценный мех. В этом случае Ильким могли называть купца, торговавшего ильковыми шубами. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Илькаев способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Илькаев представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.