Фамилия Ипаков — редкий случай, когда основа очевидна, а суффикс сбивает с толку. В основе лежит каноническое мужское имя Ипатий (греч. Hypatos — «высочайший», «консул»), которое в просторечии сократилось до Ипак. От этой краткой формы и пошла фамилия. Но почему не Ипатов, а Ипаков? Тут ключевой момент — суффикс.

В русской модели фамилий на -ов/-ев притяжательное значение передаёт суффикс -ов, а -к- входит в основу имени. Ипак — это уменьшительная форма, образованная с помощью суффикса -к- (как Ваня — Ванька, Петя — Петька). Соответственно, Ипаков буквально означает «сын Ипака», то есть «сын маленького Ипатия». Вариант Ипатов (от полной формы Ипат) встречается гораздо чаще, но Ипаков — более народный, «домашний» вариант, который закрепился в быту.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Поволжью — регионам, где имя Ипатий было популярно среди крестьян и казаков. В отличие от дворянских фамилий, которые часто фиксировались по полной форме имени, Ипаковы — это потомки простых людей, прозванных Ипаком по-соседски. Отдельного внимания заслуживает ударение: в большинстве говоров оно падает на второй слог (Ипа́ков), хотя в некоторых диалектах могли произносить с ударением на первый (И́паков).

В церковных святцах имя Ипатий связано с несколькими святыми, в том числе с мучеником Ипатием Гангрским, но на бытовую фамилию это повлияло слабо — Ипаковы не обязательно потомки духовенства. Скорее, это типичная «отчество в третьем поколении», которая застыла в XIX веке, когда крестьянам массово присваивали фамилии по отцу. Сейчас фамилия малочисленна, но её носители могут с уверенностью сказать: их предок был Ипак — человек с именем, которое когда-то означало «высочайший», но в деревенском обиходе звучало по-свойски.