Фамилия Исмагулов — классический пример фамилии, образованной по тюркской модели от личного имени. Её основа — составное мужское имя Исмагул, которое соединяет два компонента: «Исма» (от арабского «ас-Сами'» — «Всеслышащий», один из эпитетов Аллаха) и «гул» (в переводе с тюркского — «раб», «слуга»). В целом имя Исмагул означает «раб Всеслышащего», то есть человека, посвятившего себя Богу. Встречается и более краткое толкование — «Аллах всё слышит», что передаёт суть первого корня, но несколько упрощает общий смысл.

Словообразовательная модель здесь прозрачна и типична для казахской и башкирской ономастики: к основе Исмагул добавляется русский патронимический суффикс -ов, который закрепился в документах Российской империи при записи фамилий. Таким образом, Исмагулов буквально означает «сын Исмагула» или «принадлежащий роду Исмагула». Двойное происхождение корней — арабский религиозный пласт и тюркский формант — отражает историю исламизации степных народов, где имена часто склеивали арабские понятия с местными.

Географически фамилия бытует преимущественно у казахов и башкир, реже встречается у татар. В среде этих народов имя Исмагул было распространённым ещё в XIX веке, а после перехода на фиксированные фамилии (в основном в советское время) оно превратилось в родовое прозвание. В отличие, скажем, от фамилии Исмагилов (с вариантом через «г»), Исмагулов сохраняет именно тюркский компонент «гул», а не арабский «гил» (знание), что указывает на более архаичную форму.

Споров о происхождении фамилии немного: обе версии — и «раб Всеслышащего», и «Аллах всё слышит» — сходятся в одном: имя было дано с религиозным смыслом, как просьба о божественном внимании к судьбе ребёнка. В дореволюционных метрических книгах Оренбургской и Уфимской губерний можно встретить записи Исмагуловых среди башкир-вотчинников и казахов, кочевавших вблизи русских крепостей. Это говорит о том, что носители фамилии не принадлежали к какому-то одному сословию — среди них были и зажиточные скотоводы, и рядовые общинники.