Фамилия Истомини — одна из тех, где окончание «и» сбивает с толку. На слух она воспринимается как множественное число, но на самом деле это родительный падеж единственного числа от фамилии Истомин. В русской традиции фамилии на -ин (Истомин) склоняются как прилагательные: «нет кого?» — Истомина. Форма Истомини — это архаичный или диалектный вариант записи, который мог закрепиться в документах. Чаще всего так писали в северных и сибирских говорах, где цокали и путали окончания, или в церковных метриках, где священник фиксировал фамилию в родительном падеже («сын Истомини»). Поэтому Истомини — это не отдельная фамилия, а историческая вариация написания, которая у некоторых семей так и осталась в паспорте.

Основа фамилии — древнерусское нецерковное имя Истома. В старину Истомой называли человека, который часто уставал, жаловался на слабость или был медлительным. Слово «истома» в древнерусском языке означало «усталость, изнеможение, томление». Имя было настолько распространено, что вошло в десятку самых частых нецерковных имён в Новгороде и Пскове XV–XVI веков. От него образовались десятки фамилий: Истомин, Истомичев, Истомов, Истоминский. Истомини — лишь один из вариантов, привязанный к конкретному говору или ошибке писаря.

Сословно фамилия не была закреплена за каким-то одним кругом. Истоминами могли быть и крестьяне, и посадские люди, и мелкие служилые. В писцовых книгах XVI века встречаются записи: «Истомка холоп», «Истома крестьянин», «Истома подьячий». Имя не считалось обидным или унизительным — это была бытовая характеристика, как Некрас или Нелюб. Со временем, когда фамилии закрепились, потомки Истомы стали Истомиными, а их дети в некоторых регионах записывались как Истомини.

С точки зрения словообразования всё просто: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Истомин). Форма Истомини — это та же самая модель, но застывшая в падеже. Такое встречается и у других фамилий: Кузнецов — Кузнецови, Петров — Петрови. В современной России фамилия Истомини редка, её можно встретить в Вологодской, Архангельской областях и в Сибири, куда переселились северные крестьяне. Если ваша фамилия пишется именно так, скорее всего, ваши предки жили там, где в XIX веке ещё сохранялись архаичные формы записи.