Фамилия Ивахнин образована от имени или прозвища Ивахня. В основе лежит каноническое имя Иван, одно из самых частых на Руси. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Ивахнин — «сын Ивахни». Такая модель типична для северных и центральных русских говоров, где от имени с уменьшительным суффиксом -хн- (Иваха, Ивахня) легко образовывали фамилию.

Разберём словообразовательную цепочку. Иван → Ивахня (разговорная форма с суффиксом -хн-, передающим ласку или пренебрежение) → Ивахнин. Суффикс -ин в русских фамилиях обычно присоединяется к основам на -а/-я: отсюда Ивахнин, а не Ивахнов. Это же правило даёт фамилии Петухов, но Петухин — редкий вариант, а здесь всё последовательно.

Географически фамилия Ивахнин встречается в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, реже в Поволжье. Это северорусский ареал, где уменьшительные формы на -хня (Алехня, Михня, Ивахня) были в ходу. В документах XVII века можно найти упоминания крестьян и посадских людей с таким прозвищем, но конкретных дат и имён без обращения к архивам не назвать.

Споров о происхождении почти нет. Редкая версия — от слова «иваха» (вид ивы) — маловероятна: прозвища по деревьям обычно образуются иначе (Ивин, Ивов). Основной вариант — от имени Иван через патронимическую форму — самый надёжный. Фамилия недворянская, типично крестьянская или мещанская, что подтверждает её бытование в среде, где фамилии закрепились поздно, в XIX веке, после отмены крепостного права.

В написании возможна путаница: Ивахнин и Ивахин — разные фамилии. Ивахин идёт от формы Иваха (без суффикса -н-), а Ивахнин — от Ивахня. Встречается вариант с ударением на второй слог: Ива́хнин, хотя в говорах чаще на последний: Ивахни́н.