Фамилия Ивахнина — женская форма от Ивахнин, а та, в свою очередь, образована от имени или прозвища Ивахна. Это один из многочисленных вариантов народной формы канонического имени Иван. Суффикс -хн- в русской антропонимии встречается реже, чем распространённые -к- или -ш-, и придаёт основе оттенок ласкательности или, наоборот, просторечной грубоватости. Ивахна — это нечто среднее между Ивашкой и Иваном: та же уменьшительная модель, что в именах Степахна (от Степан), Малахна (от Малафей) или Парахна (от Парамон). Таким образом, Ивахна — «маленький Иван» или «Иван, свой, домашний».

По суффиксу -ин фамилия относится к типично русскому типу притяжательных фамилий, отвечающих на вопрос «чей?». Ивахнин — сын или потомок Ивахны. Фамилия фиксируется преимущественно в северных и центральных губерниях России: в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также на Урале. В этих краях форма имени Ивахна была особенно живуча в крестьянской среде и сохранялась в документах вплоть до XIX века.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «ивахна» могло иметь и нарицательное значение — так иногда называли плакучую иву или, в переносном смысле, высокого и худого человека. Однако эта версия менее вероятна: подавляющее большинство фамилий на -хн- образовано именно от личных имён, а не от прозвищ по внешности. Прямых указаний на дворянское происхождение у фамилии нет — Ивахнины, судя по архивным записям, были крестьянами и мещанами.

В написании фамилии возможна путаница: вариант Ивахнина не следует путать с Ивахниной (через одно «н») — это разные падежные формы одного и того же родового имени. В женском роде фамилия склоняется как обычное прилагательное: Ивахниной, Ивахнину. Носительницы этой фамилии могут с высокой вероятностью считать своими предками жителей Русского Севера или Поволжья, где форма Ивахна была в ходу ещё триста лет назад.