Фамилия Ивахнишина — женская форма фамилии Ивахнишин, а та, в свою очередь, образована от мужского личного имени Ивахниша. Это имя — разговорный, уменьшительно-ласкательный вариант церковного имени Иоанн, которое в русском быту превратилось в Иван. Суффикс -ша в таких именах, как Ивахниша, а также Тимоша, Гриша, Данила, характерен для народной, обиходной речи: он придаёт имени фамильярный или ласковый оттенок. В основе лежит корень Иван-, а вставка -х- (Ивахниша вместо ожидаемого *Иваниша) — результат фонетического «растяжения», типичного для диалектного произношения или для того, чтобы избежать зияния гласных. Таким образом, Ивахниша — это «маленький Иван» или «Иванушка».

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин, которая в русском языке указывает на принадлежность: «чей сын?» — Ивахнишин, то есть сын Ивахниши. Женская форма Ивахнишина, соответственно, означает «жена или дочь Ивахнишина». Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским регионам, где формы на -ша и с диалектным -х- встречаются чаще. В центральных и северных областях России более распространены варианты Иванов, Ивашин, Иванцов, а Ивахнишин остаётся относительно редкой, локальной ветвью этого огромного ономастического «куста» от имени Иван.

В сословном отношении предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилии на -ин у непривилегированных слоёв населения закрепились в XVI–XVII веках, и Ивахнишин — типичный образец такой «патронимической» фамилии, где имя отца (Ивахниша) стало родовым прозвищем. Редкость фамилии говорит о том, что она могла возникнуть в одном конкретном селе или волости и не распространиться широко за пределы исходной местности. Известных исторических деятелей с такой фамилией нет, и это нормально: большинство русских фамилий — именно такие, «тихие», хранящие память о безвестном предке, которого в быту звали ласково — Ивахниша.