Основой фамилии Ивахнишин послужило церковное имя Ивахниша. Поэтому от него было образовано множество уменьшительных форм, одна из которых - Ивахниша - и легла в основу фамилии. Однако, скорее всего, имя Иван исторически восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн, которое в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ивахниша, со временем получил фамилию Ивахнишин.