Фамилия Иванкина — одна из тех русских фамилий, которые образовались не напрямую от полного крестильного имени, а от его уменьшительно-ласкательной формы. В основе лежит имя Иванок, которое, в свою очередь, является производной формой от канонического имени Иоанн. В переводе с древнееврейского Иоанн означает «милость Божья», но в быту на Руси имя Иван стало настолько распространённым, что породило десятки вариантов: Иванко, Иванец, Иванок.

Суффикс -ок в имени Иванок указывает на уменьшительность или, что вероятнее для XV–XVII веков, на принадлежность к младшему поколению в семье. Именно такие формы чаще всего становились основой для фамилий простых людей: крестьян, ремесленников, посадских. Основатель рода Иванкиных, носивший прозвище или нецерковное имя Иванок, скорее всего, был человеком из непривилегированного сословия — в среде дворянства такие «домашние» имена в фамилиях встречаются редко.

Модель образования типична для восточнославянской ономастики: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Иванкин, то есть сын или потомок Иванка). Если бы фамилия звучала как Иванков, это говорило бы о западнорусском или украинском влиянии; форма Иванкина (через -ин) закрепляет её за великорусским ареалом. Встречается она повсеместно, но с заметной концентрацией в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской и Нижегородской губерниях.

Интересно, что фамилия Иванкина не имеет отношения к птице иванка (так в некоторых говорах называют самку индюка) — это народная этимология, не подтверждённая историческими документами. Речь идёт исключительно о личном имени. Таким образом, потомок человека по имени Иванок со временем получил фамилию, которая закрепилась в женской форме Иванкина, хотя мужской вариант Иванкин встречается реже.