Фамилия Иванковача — редкий пример того, как фамилия, образованная от имени Иван, получила необычное окончание. В русской традиции фамилии на -ач обычно встречаются в виде Иванков, Иванкин, Иванцов. Здесь же мы видим суффикс -ач, который в восточнославянской ономастике чаще указывает на принадлежность или характеристику человека по отцу или роду занятий. Однако форма «Иванковача» выглядит как притяжательное прилагательное женского рода в родительном падеже: «сын (или дочь) Иванковача». Это наводит на мысль, что перед нами не стандартная русская фамилия, а скорее украинская, белорусская или западнорусская, где фамилии могли застывать в форме родительного падежа (как, например, украинские фамилии на -енко, но в иной модели).

Основа фамилии — Иванко, уменьшительная форма имени Иван. Суффикс -к- в данном случае не уменьшительно-ласкательный, а скорее патронимический, как в украинских фамилиях типа Иванко, Петрусь. Добавление -ач превращает её в фамилию, указывающую на потомка: Иванковача буквально значит «из рода Иванка» или «сын (дочь) Иванка». Такая модель встречается в польской и белорусской ономастике (сравните фамилии типа Ковальча, где -ач — вариант -ич). В русском языке подобные формы почти не сохранились, за исключением некоторых фамилий на -ач, но они обычно мужского рода (Иванков, Иванов).

Географически фамилия Иванковача почти не встречается в современных базах данных. Это может указывать на её крайнюю редкость или на то, что она бытовала в узком регионе, возможно, в Западной Украине или в пограничных с Беларусью областях. В прошлом такие фамилии могли принадлежать крестьянам или мещанам, так как дворянские фамилии чаще оформлялись по стандартным моделям (-ов, -ин, -ский). Спорных версий здесь немного: если отбросить гипотезу о случайном искажении при записи (что маловероятно, так как в документах фамилии редко меняют окончание так кардинально), то основная версия — патронимическая с региональным суффиксом.

Таким образом, носитель фамилии Иванковача, скорее всего, потомок человека по имени Иванко, жившего на западе славянского мира. Фамилия сохранила архаичную грамматическую форму, что делает её уникальной среди многочисленных «Ивановых» и «Иванковых».