Фамилия Ивайкина — женская форма фамилии Ивайкин, которая образована по самой ходовой модели русского именослова: от личного имени или прозвища с помощью суффикса -ин. В основе лежит имя Ивайка — уменьшительная форма от канонического имени Иван. Такое стяжение (Иван → Ивай) встречается в северных и среднерусских говорах, где «й» вставлялось между гласными для благозвучия или заменяло конечный согласный. Ивайка — это примерно то же, что Ваня, но с местным диалектным оттенком.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Ивайка, данным человеку по растению — иве. В некоторых диалектах «ивайка» могли называть заросль ивы или самого человека, живущего у ивняка. Однако эта гипотеза слабее: у восточнославянских фамилий на -ин почти всегда в основе лежит имя, а не название дерева. К тому же форма Ивайка для ивы нехарактерна — обычно в ходу «ива», «ивка», «ивушка».

Фамилия Ивайкин, а значит и Ивайкина, встречается в основном в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях. Там имя Иван всегда было самым распространённым, а его уменьшительные варианты давали жизнь десяткам фамилий: Иванов, Ванин, Ванькин, Ивайкин. Ивайкины — не редкая, но локальная фамилия, не вышедшая за пределы определённых районов. Это типичный пример того, как крестьянское прозвище или домашнее имя закрепилось в документах и перешло потомкам.

В дореволюционной России носители фамилии принадлежали в основном к крестьянскому сословию. Никаких дворянских родов Ивайкиных не зафиксировано — фамилия оставалась простонародной, что подтверждается её словообразовательной моделью без суффиксов -ский или -ов, свойственных высшим слоям. Сегодня встретить Ивайкину можно в тех же регионах или в местах миграции их потомков.