Фамилия Ивакина — это типичная русская «матронимическая» или «патронимическая» форма, образованная с помощью суффикса -ин. Такие фамилии в старину давали по имени или прозвищу отца (или матери), отвечая на вопрос «чей?»: сын Иваки → Ивакин. Женская форма Ивакина закрепилась за представительницами рода, хотя в основе лежит мужское прозвище или имя.

Ключевой элемент фамилии — основа «Ивак-». Самая прямая и распространённая версия связывает её с производной формой крестильного имени Иоанн. Иоанн (в переводе с древнееврейского — «милость Божья») дал множество обиходных вариантов: Иван, Иваш, Иваня, а также уменьшительное Ивака. Так на Руси могли ласково называть человека по имени Иван. Следовательно, родоначальника Ивакиных могли звать просто Ивакой — в кругу семьи или соседей.

Однако существует и менее очевидная гипотеза, которая уводит нас в прибалтийскую языковую среду. Согласно ей, прозвище Ивака могло произойти от эстонского слова «ivake» — «крошка, крупица». В этом случае прозвище давали по внешности: худощавому, мелкому или невысокому человеку. Версия не массовая, но лингвистически правдоподобная: в псковских и новгородских землях, где исторически были тесные контакты с чудскими племенами, подобные заимствования встречались. Если принять эту версию, фамилия Ивакина оказывается не столько «сыном Ивана», сколько «потомком Крошки».

С точки зрения социальной истории, фамилия Ивакина — достаточно демократичная. Она не указывает на дворянское происхождение (там преобладали фамилии на -ский/-цкой или -ов/-ев от полных имен). Скорее всего, предки носителей этой фамилии были крестьянами, ремесленниками или посадскими людьми из центральных или северо-западных областей России. Встречаемость фамилии невысока, что говорит о её локальном, «гнездовом» происхождении: родоначальник был известен в своей округе, и фамилия закрепилась за его потомками без широкого расселения.

В ономастическом словаре Б. Унбегауна фамилии на -ин от форм имени Иван отнесены к числу очень распространённых, но вариант Ивакин стоит особняком — он менее типичен, чем Иванов или Ивашин. Это делает фамилию Ивакина более редкой и, следовательно, более ценной для семейной истории: в архивах найти конкретных Ивакиных проще, чем многочисленных Ивановых.