Фамилия Ивакины — один из примеров того, как от имени или прозвища через простую словообразовательную модель получается устойчивая родовая фамилия. Суффикс -ин указывает на принадлежность: в древнерусской традиции он отвечал на вопрос «чей?», то есть Ивакин буквально означает «сын Иваки» или «человек из рода Иваки».

Основа фамилии восходит к уменьшительной или производной форме крестильного имени Иоанн. Полное церковное имя Иоанн (древнееврейское «милость Божья») в бытовой речи давало множество сокращений: Иван, Иваш, Иваня, а также Ивака. Именно эта форма — Ивака — и легла в основу фамилии. Такая модель образования (от кратких обиходных вариантов имени) типична для русских фамилий и встречается, например, у Ванюшиных, Ваниных или Ивашовых.

Существует и другая версия, менее распространённая. Согласно ей, прозвище Ивака могло иметь не имяобразное, а нарицательное происхождение — от эстонского слова «ivake», что значит «крошка, крупица». Если принять эту гипотезу, то прозвище давалось человеку невысокого роста или худощавого телосложения. Однако такая этимология выглядит менее убедительной: эстонские заимствования в русской антропонимии редки, и для их подтверждения нужны чёткие региональные свидетельства (например, бытование фамилии в Причудье или на северо-западе). Без таких данных версия с именем Иоанн остаётся основной.

Фамилия Ивакины не принадлежит к числу самых частых, но встречается в разных регионах России. О точном времени её возникновения говорить сложно: процесс закрепления фамилий у крестьян и мещан растянулся на несколько столетий, и форма на -ин могла оформиться как в XVI, так и в XIX веке. Тем не менее, по своей структуре Ивакины — типичный памятник русской ономастики, где за коротким суффиксом стоит целая история народного переосмысления церковного имени.