Мужское крестильное имя Иоанн в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Ивака. Согласно другой гипотезе, фамилия Ивакин образована от прозвища Ивака. Оно ведет сове начало от эстонского слова «ivake», которое в переводе на русский язык означает «крошка, крупица». В таком случае основатель рода Ивакиных мог быть худощавым человеком маленького роста. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ивака, со временем получил фамилию Ивакин.