Фамилия Ивакин образована от имени или прозвища Ивака. В основе лежит мужское крестильное имя Иоанн (в переводе с древнееврейского — «милость Божья»). Ивака — одна из просторечных, производных форм этого имени, наряду с Иваном, Иванкой, Ивой. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Иваки». Такой способ образования типичен для русских фамилий XVI–XVII веков.

Но есть и другая версия, которая объясняет происхождение не от имени, а от прозвища. Слово «ивака» могло прийти из эстонского языка, где «ivake» значит «крошка, крупица». Прозвище Ивака могли дать невысокому, худощавому человеку. В этом случае фамилия отражает не имя предка, а его внешность.

Обе гипотезы имеют право на существование. Первая — более массовая и типологически простая: на Руси фамилии от производных форм имени Иван встречаются повсеместно (Иванов, Иванков, Иванцев, Ивакин). Вторая — редкая, но возможная для северо-западных регионов, где был контакт с прибалтийскими языками. Выбрать одну версию без точного знания места и времени появления фамилии нельзя, но для большинства носителей фамилии Ивакин логичнее считать основой имя Ивака.

Фамилия недвусмысленно указывает на то, что основатель рода носил личное имя или прозвище Ивака, а его потомки стали Ивакиными. Сословной привязки нет: такую фамилию могли получить и крестьяне, и посадские люди, и служилые.