Фамилия Иваков образована от имени или прозвища Ивак. Самое очевидное объяснение: Ивак — это одна из производных форм имени Иван, которое, в свою очередь, восходит к каноническому Иоанн (с древнееврейского — «милость Божья»). Имя Иван на протяжении нескольких столетий, с XVI по XIX век, оставалось самым частым у славян: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Поэтому фамилии с основой Иван- — самые распространённые в русском языке.

Но у фамилии Иваков есть и менее очевидная, но правдоподобная версия происхождения. Она связана не с именем, а с прозвищем от эстонского слова ivake — «крошка, крупица». В этом случае основатель рода Иваковых мог быть худощавым человеком маленького роста. Такие прозвища по внешним признакам давали нередко, и в северо-западных регионах, где русские и эстонцы веками жили по соседству, заимствования в прозвищах встречаются.

Фамилия образована с помощью типичного русского патронимического суффикса -ов, который указывает на принадлежность: «сын Ивака». Какая из версий верна для конкретной семьи — зависит от географии её происхождения. Если корни на северо-западе, в Псковской или Ленинградской областях, эстонский след вполне реален. Если род происходит из центральной России или Поволжья — надёжнее считать фамилию производной от имени Иван.