Фамилия Ивакова восходит к каноническому мужскому личному имени Иоанн (в переводе с древнееврейского – «милость Божья»), а точнее к его производной форме – Ивак. Фамилии с основой Иван- являются самыми распространенными фамилиями у славян, так как имя Иван на протяжении нескольких столетий (с XVI по XIX в.) оставалось самым частым: среди крестьянства оно охватывало от 15 до 25% всех мужчин. Однако не менее вероятной представляется связь фамилии Ивакова с эстонским словом ivake, которое в переводе на русский язык означает «крошка, крупица». В таком случае основатель рода Иваковых мог быть худощавым человеком маленького роста. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Ивак, со временем получил фамилию Ивакова.