Фамилия Ивайкин образована от уменьшительной формы крестильного имени Иван — Ивайка. В основе лежит каноническое имя Иоанн, которое пришло на Русь вместе с христианством и в переводе с древнееврейского означает «милость Божья». В народной среде имя Иван обросло десятками производных форм: Иваш, Иванко, Иванец, Ивута, Ивайка — последняя и стала непосредственным источником фамилии.

Суффикс -ин в фамилии Ивайкин указывает на принадлежность: Ивайкин буквально значит «сын Ивайки» или «человек из рода Ивайки». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имен на -а/-я: Ивайка → Ивайкин, как Федька → Федькин или Петька → Петькин. В быту фамилия могла закрепиться за потомками конкретного человека по прозвищу Ивайка — так в документах XVI–XVII веков нередко записывали крестьян и посадских людей, чтобы отличить их от однофамильцев.

Встречается и альтернативная версия, связывающая имя Иван с легендарным прародителем славян Ваном — отсюда якобы и пошло древнее название «ванны». Но лингвисты относятся к этой гипотезе скептически: она не подтверждается историческими источниками и не объясняет, почему форма Ивайка возникла именно в русской, а не в общеславянской среде. Куда убедительнее выглядит цепочка от Иоанн через народное Иван к ласкательному Ивайка — так фамилия Ивайкин оказывается в ряду сотен других отыменных фамилий, распространённых по всей центральной России.