Фамилия Качалкин образована от прозвища Качалка, а то, в свою очередь, — от глагола «качать» (колебать, колыхать, шатать, трясти плавно взад и вперед). Прямой и самый очевидный смысл прозвища — бытовой. Таким именем родители нередко нарекали неспокойного, беспокойного ребёнка, которого постоянно приходилось укачивать на руках. Младенец, не дававший покоя, так и оставался в семье Качалкой.

Но прозвище могло закрепиться и за взрослым человеком. В народной речи «качалкой» называли не только предмет (например, вальё для белья или детскую люльку), но и человека с определённой манерой поведения. Качалкой в деревне могли окрестить гуляку, праздного человека, который «качается» без дела. Есть и ремесленная версия: предок Качалкиных мог быть мельником. В работе мельника постоянно присутствует движение — вращение жерновов, тряска, качка, поэтому прозвище могло пристать к нему по профессии.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Качалкин, то есть сын или потомок Качалки. Модель типична для северных и центральных русских говоров, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. В отличие, скажем, от фамилии Качалов (от «качала» — тот, кто качает), Качалкин образовано от более конкретного, предметного прозвища. Встречаются и однокоренные варианты — Качалков, Качальский, но Качалкин — самый частый, и его основа почти не вызывает споров: корень «кач-» прозрачен, а суффикс «-к-» придаёт прозвищу уменьшительно-бытовой оттенок.