Фамилия Качалкина происходит от прозвища Качалка. Основа — глагол «качать», то есть «колебать, колыхать, трясти плавно взад и вперёд». Суффикс -ин в окончании указывает на принадлежность: «чей?» — «сын Качалки». Это типичная модель русских фамилий, образованных от прозвищ.

Что именно означало прозвище Качалка, однозначно не скажешь. В крестьянской среде так могли назвать неспокойного ребёнка, которого родителям приходилось постоянно укачивать на руках. Но есть и другая версия, связанная с ремеслом: Качалкой в народе называли мельника. Зерно на мельнице «качали» — очищали и пересыпали. Соответственно, предок Качалкиных мог заниматься обработкой зерна.

Не обошлось и без бытовой иронии. Глагол «качать» имел и переносное значение — «шататься без дела, гулять». Поэтому Качалкой могли прозвать праздного человека, гуляку. Какая из этих версий точнее, зависит от конкретной ветви рода — в разных говорах прозвище могло закрепиться за разными людьми.

Фамилия Качалкина — женская форма, мужской вариант — Качалкин. Поскольку прозвище Качалка встречалось не повсеместно, фамилия довольно редкая. Встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, где было развито мукомольное дело.