Фамилия Качаненко — яркий пример украинской модели фамильного словообразования, которая в XIX веке широко распространилась и на южнорусских территориях. Её основа — суффикс -енко, который в украинской ономастике означает «сын» или «потомок» (аналогично русскому -ов/-ев). Таким образом, Качаненко — это «сын Качана» или «потомок того, кого звали Качан».

Ключ к пониманию фамилии — в прозвище Качан. На Украине и в южных областях России «качаном» называли кочан капусты, а также — в переносном смысле — плотного, коренастого человека или упрямца. Слово имеет тюркские корни: в турецком и крымскотатарском языках «kaçan» означает «беглец», «убегающий», что тоже могло стать прозвищем для беспокойного или уклончивого человека. Впрочем, в украинской традиции более вероятна «растительная» версия: прозвище Качан мог получить огородник, торговец капустой или человек с крупной головой (голова как кочан).

Географически фамилия Качаненко тяготеет к левобережной Украине — Полтавщине, Черниговщине, Сумщине, откуда в ходе переселенческих волн конца XIX — начала XX века носители фамилии уходили на Кубань, Дон и в Сибирь. В переписях и метрических книгах эта фамилия встречается реже, чем более распространённая Качан или Качанов, что говорит о её локальном происхождении от конкретного родового прозвища.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень качан- плюс типичный украинский патронимический суффикс -енко. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Кача́ненко, хотя в некоторых говорах встречается вариант на первый слог. В русском языке фамилия не склоняется, если принадлежит мужчине (Иван Качаненко), и склоняется, если речь о женщине (Анны Качаненко). Социальный контекст типичен для украинского крестьянства и казачества: фамилии на -енко в массе своей закрепились за свободными земледельцами и реестровыми казаками, а не за дворянством.