Фамилия Качерина — яркий пример отчества, образованного от женского имени или прозвища с помощью суффикса -ин. В русской ономастике суффикс -ин традиционно указывает на принадлежность: «чей?» — Качерин, то есть сын или потомок Качери. Основа здесь — имя Качера, которое само по себе является производным.

Самая вероятная версия: Качера — это разговорная или уменьшительная форма крестильного имени Екатерина. В народной речи имя Екатерина сокращалось до Катерина, а затем до Катера и Качера (с характерным чередованием «т» и «ч»). Сравните: Катерина → Качера, как, например, Матрёна → Матрёша. Таким образом, Качерина буквально означает «потомок женщины по имени Качера», то есть Екатерины. В русских деревнях женщину часто называли по имени мужа или отца, но фамилии на -ин от женских имён встречаются реже, чем от мужских, и обычно указывают на внебрачное происхождение или на то, что мать была главой семьи (вдовой или солдаткой).

Менее распространённая, но возможная версия связывает фамилию с прозвищем Качера от диалектного глагола «качать» или «качерить» — в некоторых говорах так называли человека, который качается, шатается, или того, кто любит качать детей (качельник). Однако эта гипотеза слабее: основа «кач-» обычно даёт фамилии Качалов, Качков, а вариант с суффиксом -ер- для прозвища нетипичен.

Географически фамилия Качерина тяготеет к центральным и южным регионам России, встречается в Воронежской, Тамбовской, Ростовской областях. В дореволюционных переписях её носители — преимущественно крестьяне и мещане. Ударение в фамилии плавающее: чаще падает на второй слог (Каче́рина), реже на первый (Ка́черина), что зависит от местной традиции произношения имени Екатерина.