Фамилия Качулин — одна из тех, где за основу взяли не имя, а прозвище, причём прозвище с яркой региональной окраской. Корень здесь — украинское слово «качула», которым в Малороссии называли молдавские шапки. Речь идёт не о любой шапке, а о характерном головном уборе: высоком, смушковом, который носили в Бессарабии и соседних землях. Само слово попало в украинские говоры из румынского или молдавского языка, где căciulă и значит «шапка».

Прозвище Качула могли дать по двум разным причинам. Первая — ремесленная: так называли мастера, который шил такие шапки или торговал ими. Вторая — бытовая и более простая: прозвище закреплялось за человеком, который сам постоянно носил качулу и тем выделялся среди окружающих. В украинских сёлах, где преобладали соломенные брили или простые картузы, человек в высокой молдавской шапке сразу бросался в глаза.

Суффикс -ин в фамилии указывает на модель «чей сын?»: Качулин буквально означает «сын Качулы». Такая модель типична для центральных и северных русских земель, а вот сама основа — южная. Это говорит о том, что либо носитель прозвища переселился с Украины на север, либо фамилия закрепилась в пограничных районах, где сталкивались русские и украинские говоры.

Стоит отбросить версию, что фамилия связана с глаголом «качать» или «качуляться»: это ложное сближение. В говорах «качула» не имеет отношения к движению, а сохраняет именно «шапочное» значение. О точном времени появления фамилии судить трудно: прозвища такого типа фиксировались в реестрах казаков и переписных книгах XVII–XVIII веков, но массово фамилии на -ин закрепились позже, уже в XIX веке.

Фамилия Качулин — редкий случай, когда в основе лежит не русское, а заимствованное через украинское посредничество слово. Она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Шапкин, Колпаков, Картузов, но с более узкой географической привязкой: её корни ведут не в московские или новгородские земли, а в украинское пограничье с Молдавией.