Фамилия Каенкова — женская форма фамилии Каенков, которая образована от прозвища или имени Каенко. Основа «Каен-» указывает на имя Кай (усечённая форма крестильного имени Кассиан или Капитон) либо на прозвище от слова «каять» — то есть укорять, упрекать. В таком случае Каенко — человек, который «кает» (бранит) или сам кается, но в старых говорах это могло быть ироничным прозвищем придиры или сварливого человека.

Суффикс -енк(о) типичен для украинской и южнорусской модели фамилий: он указывал на потомка или носителя признака, а на русском Севере и в Сибири — на принадлежность к роду. Фамилии на -енко часто закреплялись в среде казачества и крестьянства, особенно на Слобожанщине и Дону. Каенковы, скорее всего, выходцы из этих регионов, где прозвищная форма «Каенко» была распространена.

В русской ономастике существует и другая версия: основа могла восходить к тюркскому слову «каен» — берёза. Если предок был татарином или башкиром, фамилия могла означать «берёзовый» или «живущий у берёзовой рощи». Однако для фамилии Каенков эта версия менее вероятна, так как -ов/-ев — типично славянский патронимический суффикс, и в тюркской среде фамилии чаще оформлялись иначе.

Окончание -а в женской форме — грамматическая норма, не несущая смысловой нагрузки. В дореволюционных метрических книгах фамилия могла писаться как Каенкова или Каенкова, с одной или двумя «н», в зависимости от местного произношения. Сегодня фамилия редкая, встречается в центральных и южных областях России, а также в Беларуси. Точных данных о дворянском или купеческом происхождении нет — скорее всего, это фамилия крестьянского или мещанского сословия.