Фамилия Кафтанатин вряд ли имеет русские корни — её основа и суффикс выдают южное, скорее румынское или молдавское, происхождение. В центре фамилии лежит прозвище Кафтанатий, которое образовали от слова «кафтан». В румынском языке «кафтан» означал старинную верхнюю одежду с глубоким запахом и длинными рукавами. В письменных источниках это слово появилось в XV веке, а в XVI–XVII веках кафтаны на Руси носили все — от крестьян до бояр, и мужчины, и женщины, в городах и деревнях. Однако в XVIII веке дворяне и богатое купечество перешли на западноевропейское платье, и кафтаном стали называть жюстокор — приталенный сюртук. К XIX веку это слово в значении европейской одежды почти вышло из употребления.

Но у фамилии Кафтанатин есть и другая, более глубокая версия. В румынском языке есть слово căftanie — оно означало не просто одежду, а право носить боярский кафтан, то есть получать звание и чин. Прозвище Кафтанатий могли дать человеку высокого положения — боярину или тому, кто добился такого права. Именно эта версия выглядит правдоподобнее: прозвище указывало не на портного или торговца одеждой, а на социальный статус.

Фамилия оформилась с типичным русским суффиксом -ин, который в данном случае добавился к основе на -ий: Кафтанатий превратился в Кафтанатин. Такая модель встречается у фамилий, которые адаптировались на русской почве, но сохранили иноязычную основу. Встретить носителей фамилии Кафтанатин можно скорее на юге России, в регионах, где исторически было сильное молдавское и румынское влияние.