Фамилия Кафтанатин образована от прозвища Кафтанатий. Оно, вероятнее, всего восходит к румынскому слову «кафтан» со значением «старинная верхняя одежда с глубоким запахом и длинными рукавами». Слово «кафтан» появилось в письменных источниках в XV веке. В XVI - XVII веках им обозначали мужскую комнатную и уличную одежду. Кафтаны в XVI - XVII веках носили представители всех социальных слоёв общества в городах и деревнях. В XVIII веке, когда дворяне и богатое купечество перешли на ношение одежды западноевропейского образца, кафтаном стали называть соответствующую ему одежду — жюстокор. В XIX веке это слово применительно к одежде западноевропейского образца перестало употребляться. Однако не исключено, что фамилия Кафтанатин восходит также к румынскому слову căftanie, которое переводится на русский язык как «право носить боярский кафтан, получать звание». Скорее всего, человек, который имел прозвище Кафтанатий имел высокий чин и был боярином. Вполне вероятно, что фамилия Кафтанатин под влиянием русского языка приобрела суффикс -ин.