Фамилия Кагальник — редкий случай в русской ономастике, когда фамилия прямо повторяет название реки или населённого пункта. В основе лежит топоним Кагальник — так называются река в Ростовской области и хутор на её берегу. Человек, получивший такую фамилию, скорее всего, был выходцем с этих мест: либо жил на реке Кагальник, либо переселился оттуда и получил прозвище по прежнему месту жительства. Модель образования предельно прозрачна: фамилия бессуффиксная, то есть географическое название перешло в фамилию без добавления типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский. Это характерно для поздних фамилий, которые закрепились за переселенцами уже в XIX веке, когда топоним просто фиксировали в документах как фамилию.

Происхождение самого слова «Кагальник» спорное. Наиболее убедительная версия — тюркская: от «кагал» (толпа, скопище) и тюркского суффикса -лык/-ник, то есть «место, где собирается много народа». В тюркских языках это могло означать «многолюдное урочище» или «место сборища». Менее вероятно, но возможно, что корень связан с калмыцким «хагаль» — «кривой, извилистый», что хорошо описывает характер реки. Славянской этимологии у слова нет, что подтверждает его южное, степное происхождение.

Фамилия Кагальник почти не встречается за пределами юга России — Ростовской области, Краснодарского края, Ставрополья. Это так называемая «географическая» фамилия, которая не вышла за пределы своего ареала. Носители Кагальник — потомки казаков или крестьян, осваивавших Приазовье в XVIII–XIX веках. Суффикс -ник в топониме (а вслед за ним и в фамилии) не является русским фамильным, как в фамилиях на -ник (Пчельник, Сапожник), а входит в состав тюркского географического названия. Поэтому фамилия стоит особняком и не имеет однокоренных русских фамилий — она единственная в своём роде.

В написании фамилия устойчива: всегда через «а» в первом слоге, ударение на второй слог — Кага́льник. Вариант с двумя «г» (Каггальник) ошибочен и в документах не встречается.