Фамилия Кагальницкий образована от прозвища, которое восходит к слову «кагал». В широком смысле кагал — это община у евреев, в узком — административная форма самоуправления общиной. В Польше и других странах Восточной Европы XVI–XVIII веков, а затем и в Российской империи (до 1893 года) кагал был органом общинного самоуправления, стоявшим во главе отдельной еврейской общины и служившим посредником между ней и государством. Согласно этому, Кагальницким могли прозвать человека, входившего в кагал, либо имевшего к нему прямое отношение — например, члена совета или старосту.

Однако у этой фамилии есть и другая, топонимическая версия происхождения. На юге России, в Ростовской области, существует станица Кагальницкая и река Кагалъник. Названия эти, скорее всего, тюркского происхождения и не связаны с еврейским кагалом. Жителей этих мест или выходцев оттуда также могли записать как Кагальницких. Суффикс -цк- указывает на принадлежность к географическому объекту: так образовывали фамилии от названий городов, станиц и рек. Поэтому предок-носитель фамилии мог быть не членом общинного совета, а просто казаком или крестьянином, переселившимся с берегов реки Кагальник.

Процесс формирования фамилий был длительным, и без генеалогических исследований трудно сказать, какая из версий верна для конкретного рода. Стоит учесть, что фамилия Кагальницкий встречается не только у потомков еврейских общин, но и среди донских и кубанских казаков, что делает топонимическую версию для русского населения не менее, а иногда и более вероятной.