Фамилия Калакушта звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её корни, скорее всего, не славянские, а тюркские. В основе лежит прозвище, которое можно разобрать на две части. Первая — «кала» или «кара», что во многих тюркских языках означает «чёрный». Вторая — «кушта», что может восходить к слову «куш» — «птица» или к «куштат» — «приказывать, управлять». Таким образом, наиболее вероятное исходное значение — «чёрная птица» или, с учётом суффикса действия, «тот, кто командует чёрными» (например, чёрными птицами или, в переносном смысле, людьми). Прозвище могли дать либо человеку с тёмными волосами и быстрым, «птичьим» нравом, либо, что правдоподобнее, охотнику, который держал ловчих птиц (ястребов, беркутов) чёрной масти.

Фамилия образована без типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что указывает на её позднее закрепление и возможное заимствование в готовом виде. У восточных народов, например у башкир или татар, такие прозвища нередко становились фамилиями без дополнительных приставок. В русском контексте фамилия Калакушта — пример того, как иноязычное прозвище попало в документацию, скорее всего, через казачество или крестьян, живших в смешанных регионах Поволжья или Приуралья. Географически фамилия редкая, встречается в основном на Южном Урале и в Оренбургской области, что подтверждает её тюркскую природу.

В написании возможен вариант с одной «а» в начале — Калакушта, но исходный тюркский корень мог звучать и как «Каракушта». Смена «р» на «л» — не редкость при адаптации: в разговорной речи «кара» легко переходило в «кала» под влиянием местных говоров. Судя по модели, предки носителя фамилии вряд ли принадлежали к высшему сословию — скорее, это были вольные переселенцы, казаки или крестьяне, получившие прозвище по занятию или внешности. Дворянских родов с такой фамилией в исторических списках не значится.