Фамилия Калакустова — женская форма редкой фамилии Калакустов. Её основа, скорее всего, восходит к прозвищу, образованному от двух слов: «калач» (или «колач») и «куст». В русских говорах слово «куст» могло означать не только растение, но и группу, скопление чего-либо. «Калач» — традиционный русский хлеб. Прозвище Калакуст мог получить человек, который пёк калачи и жил в одном месте долго, «пустил корни», или же тот, кто торговал калачами на перекрёстке, у куста — то есть на видном, устоявшемся месте. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «калакустом» называли низкорослого, коренастого человека, похожего на округлый куст.

Модель образования фамилии — притяжательное прилагательное с суффиксом -ов (в женском роде -ова), что типично для русских фамилий XVI–XVII веков. Суффикс указывает на принадлежность: Калакустов — сын Калакуста. Фамилия не получила широкого распространения, что говорит о её локальном происхождении. Вероятнее всего, она возникла в южнорусских или центральных губерниях, где бытовали сложные прозвища, образованные слиянием двух слов.

Сравнение с однокоренными фамилиями, такими как Калачёв или Кустов, показывает разницу: Калачёв — от названия профессии (калачник), Кустов — от прозвища по месту жительства (у куста). Калакустов же объединяет оба понятия, что делает его более конкретным и образным прозвищем. В словарях Б. Унбегауна и В. Никонова прямого упоминания этой фамилии нет, что подтверждает её редкость. Носительницы фамилии Калакустова могут считать своих предков людьми, имевшими отношение к хлебному ремеслу или получившими меткое бытовое прозвище.